药物分类的方法是根据人们对于药物认识的逐渐深化而不断发展的。
例如中国最早的药书——《神农本草经》把当时常用的365种药物按照毒性强弱和用药目的不同分成上、中、下三品：
上品是延年益寿药，无毒，多服久服不伤人；
中品是防病补虚药，有毒无毒，根据用量用法而定；
下品是治病愈疾的药物，多有毒性，不可久服。
这种分类方法简单而粗糙，其中有些药物的分类也不一定恰当。但当时，可能在避免因用错药物而中毒的问题上是起到了一定作用的。梁代陶弘景编《本草经集注》时，增药365种，分为玉石、草、木、果菜、米食、有名未用六类，每类又各分上、中、下三品，这是根据药物自然属性进行分类的开端，但仍较粗糙。直到明代李时珍编《本草纲目》一书，分类方法始有重大的发展。他采用了根据以前本草的分类方法略加修改，把药物分为水、火、土、石、草、谷、菜、果、木、器、虫、鳞、介、禽、兽、人等十六部外，又把各部的药物按照其生态及性质分为六十类。例如草部分为山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、水草、石草、苔、杂草等。而且他还往往把亲缘相近或相同科属的植物排列在一起，例如草部之四、隰草类中的53种药物中，有21种属于菊科，而且其中10种是连排在一起的。这种分类方法有助于药材原植物（或动物）的辨认与采收，对于澄清当时许多药材的混乱情况起了很大作用。现代记载中草药的教科书所采用的分类方法，根据其目的与重点而有不同，主要有下列四种：
1、按药物功能分类——如解毒药、清热药、理气药、活血化瘀药等。
2、按药用部分分类——如根类、叶类、花类、皮类等。
3、按有效成分分类——如含生物碱的中草药、含挥发油的中草药、含甙类的中草药等。
4、按自然属性和亲缘关系分类——先把中草药分为植物药、动物药和矿物药。动植物药材再根据其原植物原动物的亲缘关系来分类和排列次序。如麻黄科、木兰科、毛莨科等等。
上述各种分类方法各有优缺点，究竟以采用哪一种分类方法比较适宜，主要取决于我们的目的和要求。例如按药物功能分类，有利于学习和研究中草药的作用和用途，按药用部分分类便于学习和比较各类药材的外部形态和内部构造，因而有利于药材的性状鉴定和显微鉴定；按有效成分分类有利于学习和研究中草药的有效成分及其化学鉴定。采用按药材自然属性和亲缘关系分类的方法，这是由于同科属的中草药在外部形态，内部构造、化学成分和医疗应用等方面往往有很多相似之处。采用这种分类方法不但便于学习和研究这些共同点，也便于比较它们的特异点，以揭示其规律性，这样，既有利于中草药的鉴定也有利于从同科属动植物中寻找含有相同或类似成分的动植物，以扩大药物资源。
